1960年10月本院正式成立小儿外科，2001年4月泌尿外科独立成科，目前已发展成为国内最大的小儿泌尿外科疾病诊治中心之一，年门诊量约十二万，专科床位超100张，年住院手术量超7500台，其中三、四级手术超占比80%。年均日间手术超1000台。年均门诊手术超8000台。
科室现有博士生导师1位，硕士生导师2位，主任医师5位，副主任医师11位，主治医师8位，住院医师6位，专职科研员1位，博士及在读博士21位。是中华医学会小儿外科分会尿动及盆底学组副组长和中华医学会泌尿外科分会小儿学组副组长单位，浙江省小儿外科分会候任主委单位，华东儿童泌尿系结石病防治中心。
在国内外顶级专业杂志发表超百篇文章（检索Pubmed，中国生物医学文献库），与美国，加拿大，德国等专家定期进行学术交流。曾两次受邀赴中央电视台录制专题节目，多次受邀赴地方电视台录制科普节目。
全国最早开展小儿膀胱镜、尿道镜、腹腔镜微创手术，目前覆盖全部术种，经过多年发展，已建成上尿路畸形综合诊治、外生殖器畸形矫治、小儿结石、肾移植、尿动/尿控等亚专业，具备国际水准。是医院肾脏泌尿中心、腔镜微创中心的中坚力量。成立了浙江大学医学院附属儿童医院先天性肾积水、尿道下裂和小儿结石诊疗中心。重度隐匿阴茎整形效果良好。此外，在小儿泌尿外科罕见疾病如膀胱外翻、尿道上裂后尿道瓣膜、神经源性膀胱等诊治上也积累了丰富的临床经验。近30年来，随着产前超声筛查的普及及泌尿生殖系畸形高检出率，本科积极参加浙江省产前诊断中心的多学科联合门诊，积累了大量的产前诊断各类泌尿生殖畸形的经验，使得大部分的泌尿生殖畸形得以在产前即获得诊断，为产前咨询、生后早期及时治疗奠定了良好的基础。
